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病毒可以借助幾種顯微鏡技術進行研究。根據顯微鏡的放大倍數和分辨率，可以在組織水平、細胞水平或病毒粒子水平進行觀察（圖1）。通常，病毒粒子本身只能通過電子顯微鏡或超分辨顯微鏡來分辨。在細胞水平上，病毒大多借助先進的寬場熒光或共焦顯微鏡進行觀察。在組織中，明場顯微鏡或基本的寬場熒光顯微鏡足以用于病毒研究。但是顯微技術的鑒別并不是嚴格的。

徠卡的THUNDER實時成像可以幫助提高背景信號比，減少離焦模糊。相關的對比度增強可以揭示顯微圖像中的附加信息。